Teritoriul comunei este situat în zona de contact a celor două mari unităţi de relief. Carpaţii Orientali şi Podişul Moldovei.

Sub aspectul geologic comuna Mălini se dezvoltă în cea mai mare parte pe orogenul carpatic, respectiv Culmea Munţilor Stânişoarei, molasa pericarpatică şi limita vestică a Platformei Moldoveneşti acoperită cu depozite cuaternare.

Sub acest aspect se poate vorbi de două formaţiuni distincte: formaţiunea cutată a flişului extern carpatic şi a Miocenului subcarpatic ce ocupă sectorul superior şi mijlociu, respectiv formaţiunea sarmatică, necutată, de platformă, cu structură monoclinală, acoperită de molasa pericarpatică şi de depozitele cuaternare de terasă, situată în sectorul estic la confluenţa dintre râul Suha Mare cu râul Moldova.

Principala bogăţie minerală o constituie piatra de construcţie (gresii, prundişuri, nisipuri, argile) exploatate local.

Comuna este situată din punct de vedere geografic în bazinul hidrografic Suha Mare ce aparţine munţilor Stânişoarei, munţi joşi aflaţi la zona de contact cu Podişul Sucevei, între care se interpune sectorul subcarpatic.

Pornind din partea mediană,de sub vârful Piatra lui Iepure (1447 m) râul Suha Mare taie transversal versantul estic al acestor munţi, formând împreună cu bazinele vecine (Suha Bucovineană Suha Mică şi Râşca), două culmi aproape paralele denumite ,,Obcine’’ şi care descresc deasemenea ca altitudine cu cât ne apropiem de confluenţa cu râul Moldova.

Eroziunea fluvială precum şi structura litologică pun în evidenţă forme  mai semeţe, în ansamblu, denumite ,,măgură’’, ,,bâtcă’’ care devin tot mai domoale, în aval, şi mai uşor accesibile şi cărora localnicii le spun : , ‘’plai ‘’, ,,picior’’.

Acolo unde roca din substrat apare la zi, formele de relief sunt mai semeţe. Astfel se disting prin altitudini mari : Piatra lui Iepure – 1447 m., Poiana Lungă-1340m. Muncelu – 1308 m., Măgura – 1208 m., Dohotaru – 1190 m., Bursunaru – 1010 m., Baicu – 967 m., Răchitiş – 711 m.

Altitudinea minimă este de 420 m. şi se află la confluenţa râului Suha Mare cu râul Moldova. Altitudinea medie a reliefului este în jur de 700 m.

Inclinarea medie a versanţilor este în jur de 15 grade, mai mare în vest şi tot mai redusă în partea de est.

Eroziunea torenţială şi fluvială, favorizată de roca moale a creat văi adânci, dispuse perpendicular faţă de axul principal al râului, cu versanţi puternic înclinaţi, unde pe alocuri şi datorită defrişării au accelerat procesele de versant. (ex. Pârâul Humăriei, pârâul Dohotarul, Dealul Luna, Plaiu Bătrân, Coasta Suhei, etc.

Sectorul piemontan al Mălinilor este considerat ca făcând parte din zona subcarpatică pus în evidenţă de pârâul Răchitiş şi de Bâtca Răchitişului (711 m) dezvoltat pe două planuri – unul superior, văluit, deluros, ca o tivitură a munţilor şi altul inferior, plat, etajat de terase si lunca respectiv,culuarul Moldovei.

Pe suprafaţa comunei Mălini distingem din punct de vedere genetic mai multe tipuri de relief.

Vorbim de relieful structural, care este dat de litologie, dar şi de structura în pânze de şariaj. Acolo unde roca e mai dură(stradele de Audia) formele de relief sunt mai semeţe. Apoi, relieful sculptural, creat de fluvio-denudatie, este mai bine pus în evidenţă: interf luviile, versanţii şi văile. Există și un relief de acumulare este reprezentat prin şesuri aluvionare, terase, glacişerie şi conuri de dejecţie.